NMDS

Rでデータ解析と可視化

Rで群集構造解析 最新論文に学ぶNMDS・PERMANOVA・SIMPERの実践フロー

微生物生態学や環境科学において、調査地点や処理区などの「グループ間で生物コミュニティに違いがあるか」を明らかにすることは、解析の最も重要な第一歩です。以前、NMDSについてご紹介しました。前回の記事ではNMDSの図を描くことに焦点を当てまし...
Rでデータ解析と可視化

RでMDS(多次元尺度構成法)②非計量MDS(NMDS)

前回、サンプル間の実際の距離をできるだけ再現する、計量MDS(PCoA)を解説しました。しかし、生態学の生物データやアンケート結果など、データによってはAとBの距離は2.5という正確な距離の値よりも、AとBは、AとCよりも近い、という“順序...