Rでプレゼンテーション

Rでの解析・作図の作業について主に解説しています。

目次
①はじめに
②Rの使い方
③ヒストグラム・散布図・相関行列・相関係数・ヒートマップ
④2群の検定・箱ひげでの比較
⑤折れ線グラフ・時系列データ
⑥主成分分析
⑦クラスター分析
⑧回帰分析
⑨対応分析
⑩生存時間解析
⑪ベン図・アップセット図(UpSet図)
⑫R関連書籍紹介
①はじめに
はじめに -Rでプレゼンテーション
無料で使える統計解析ソフトウェア Rの魅力

②Rの使い方
RとRStudioのインストール方法
RStudioの基本的な使い方 ー作業場所とデータの管理・保存についてー
Rでのデータ取り込みとデータ作成 ーcsvファイルを使いますー
Rにデータ読込み ーExcelファイルも読込めますー
Google Colaboratory上でのRの作業方法+Google Driveのデータの保存・読み込み方法
Rで作図を高解像度に保存する方法について -png(), ggsave() など-

③ヒストグラム・散布図・相関行列・相関係数・ヒートマップ
Rでヒストグラム(度数分布)ーhistー
Rで散布図 ー相関関係の確認ー
Rで相関行列 ーPearsonの相関係数, corrplotの使い方ー
Rで相関係数のヒートマップによる可視化:新型コロナ陽性者数の都道府県別動向

④2群の検定・箱ひげでの比較
対応のある2群のt検定 ー箱ひげ図, ggpairedの使い方ー
Rで対応のない2群検定:Student t 検定, Welch’s t検定, 箱ひげ図, バイオリンプロット,ビースウォームプロット
Rで対応のない2群検定:Mann-Whitney U検定、Wilcoxon Rank-Sum 検定、箱ひげ図、バイオリンプロット

⑤折れ線グラフ・時系列データ
Rで時系列データの折れ線グラフ ーggplot2による熊本の気温変化の分析ー
Rで両側2軸を異なるスケールに設定した折れ線グラフ ーgeom_line, scaleパッケージの使用ー
Rでggplotによる時系列データの可視化:新型コロナ陽性者数の県別動向

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Rでメタアナリシス ー統合的なデータ解析, meta, metafor, 臨床試験などー

メタアナリシスは、複数の関連研究からデータを統合し、効果量を定量的に評価する統計手法です。 臨床試験でよく使用されますが、例えば特定治療法の効果を各試験ごとに検討し、結果を統合することで治療法の総合的な効果を把握します。 ひとつの試験か...
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Rでアップセット図(UpSet図) ーUpSetR, 集合の関係性を示す, サンプル数が多い場合におススメー

今回は、アップセット図(UpSet図)についてRのコード例を紹介したいと思います。 アップセット図(UpSet図)とは? ベン図とは違うアプローチで、集合の関係性を視覚的に示す図です。 RのUpSe...
2024.02.16
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Rでベン図 ーggVennDiagram, venn, 最大7サンプル表示可能にー

ベン図は、集合論や統計学で広く使用され、重なりや包含関係を視覚的に理解するのに役立ちます。 異なるグループの要素の交わりや固有の特性を把握し、データの関連性を把握するのにとても便利です。 ■目次 1. ベン図とは 2. ベン図用ダミ...
2024.02.15
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Rで変数ごとに表示をカスタマイズできるヒートマップ ー革新的な可視化, funkyheatmapー

データ分析では、得られた結果を明確に示す可視化がとても重要です。 以前、相関行列のヒートマップについて解説をしました。 今回は、多彩なカスタマイズが可能な「funkyheatmap」パッケージを紹介します。 ■目次 1...
2024.01.10
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Rでクラスター分析② ー非階層クラスター分析, k平均法, kmeansー

クラスター分析の主な目的は、サンプルのデータの類似性やパターンに基づいて、サンプルをクラスター化することです。 クラスター分析は教師なし学習であり、サンプルに対して事前に定義されたラベルやカテゴリがなくても、サンプルのクラスター化を行うこ...
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Google Colaboratory上でのRの作業方法+Google Driveのデータの保存・読み込み方法

Google Colaboratoryは、web上で PythonだけでなくRの作業ができます。専用の環境構築も不要という点、無料という点、でも、初心者も使用しやすいツールになっています。 ただし、Googleアカウントは必要ですので、ア...
2024.01.06
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Rで作図を高解像度に保存する方法について ーpng(), ggsave() などー

Rで作図したものを、論文や著書で使用するため、高解像度で保存する方法は? Rは、データの視覚化にとても便利なツールです。データの詳細な分析や学術論文の掲載時には、作った図を高解像度で保存したいですよね。 ...
2024.01.06
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Rでクラスター分析① ー階層クラスター分析, hclust, dist, シルエット分析, silhouetteー

多くの製品があって、どの製品とどの製品が似ているのか、似ていないのか?などを調べるにはどうすればよいでしょう? 似ているもの同士を集めたり、似ていないものと区別するには、クラスター分析が大変役に立ちます。 ...
2024.01.06
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Rで生存時間解析 ーカプランマイヤー曲線,survfit関数と、ログランク検定,survdiff関数ー

臨床現場で白血病患者の治療をしない群(コントロール群)と治療群の生存時間のデータを取得している。 取得データから、各群の白血病患者の生存時間を予測したい。 また、コントロール群と治療群の2群のデータがあり、それらの2群の比較も合わせて行...
2023.02.02
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Rでコレスポンデンス分析ー対応分析, CA, fviz_ca_biplot, repelー

各家庭における家事は、それぞれどんな分担傾向があるのか??? 夫のみ、妻のみ、夫婦一緒に、夫婦どちらかが、行う家事はどういった傾向がみられるのか?実施頻度の情報が、目で見て分かり易い図を作ってみます。 この度は、コレスホ...
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