Pythonでインフォマティクス Pythonで化学の構造式を描こう！RDKit, SMILES, PubChem（情報Ⅰプログラミング×化学①）
構造式をパソコンで描いてみたい！高校の化学で学ぶ構造式を、Pythonのプログラミングを使って視覚化してみましょう！今回は、化学構造の表現形式SMILES（スマイルス）と、化学構造の描画ライブラリRDKit（アールディーキット）を使って、構...
Pythonでインフォマティクス
Pythonでインフォマティクス 
Pythonでインフォマティクス Pythonで「繰り返す」プログラムを作ろう！for文・while文・break・continue（情報Ⅰプログラミング③）
繰り返しの処理ってなに？⇒繰り返しとは、同じ処理を何回も行うことです！■目次 1. for文：決まった回数の繰り返し 2. while文：条件が続く限り繰り返す 3. break：条件を満たしたら途中で抜ける 4. continue：一部だ...
Pythonでインフォマティクス Pythonで「判断できる」プログラムを作ろう！条件分岐, if文（情報Ⅰプログラミング②）
Pythonで「判断できる」プログラムを作ろう！！判断できる、、たとえば、「80点以上なら合格」「IDとパスワードが正しいならログインを許可」など、“もし～なら” という判断を、どうやってしているのでしょうか？？「ある条件のときに、特定の動...
Pythonでインフォマティクス Pythonの始め方と使い方 （インストール不要のGoogle Colaboratory）（情報Ⅰプログラミング①）
プログラミング言語のPythonはシンプルな文法で書けるため、様々な領域で使われ、多くの研究者やエンジニア、学生など幅広く利用されています。高校情報Ⅰでは、情報社会の問題解決、コミュニケーションと情報デザイン、コンピュータ、情報通信ネットワ...
Pythonでインフォマティクス OpenMM 8 : 機械学習ポテンシャルを利用した分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7～）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
Pythonでインフォマティクス タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例（株式会社技術情報協会出版）一部執筆担当
2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。この書籍の中の「第４章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 OpenM...
Pythonでインフォマティクス ChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測（DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました）
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニングによる溶...
Pythonでインフォマティクス ChemBERTa（分子の言語モデル）の紹介
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。はじめにこれまで...
Pythonでインフォマティクス EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。● CPU Intel® Core™ i...
Pythonでインフォマティクス GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。● CPU Intel® Core™ i...