Pythonでインフォマティクス OpenMM 8 : 機械学習ポテンシャルを利用した分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7～）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
Pythonでインフォマティクス
Pythonでインフォマティクス 
Pythonでインフォマティクス タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例（株式会社技術情報協会出版）一部執筆担当
2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。この書籍の中の「第４章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 OpenM...
Pythonでインフォマティクス ChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測（DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました）
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニングによる溶...
Pythonでインフォマティクス ChemBERTa（分子の言語モデル）の紹介
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。はじめにこれまで...
Pythonでインフォマティクス EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。● CPU Intel® Core™ i...
Pythonでインフォマティクス GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。● CPU Intel® Core™ i...
Pythonでインフォマティクス OpenMMによる分子動力学計算 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・ソ...
Pythonでインフォマティクス PyMOLによる分子構造の構築 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・ソ...
Pythonでインフォマティクス OpenMMのインストール：タンパク質分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・ソ...
Pythonでインフォマティクス AutoDock Vina 1.2 のチュートリアル
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・ソ...