Pythonでインフォマティクス

Bioinformatics and Chemoinformatics with Python!!

Pythonでインフォマティクス

ChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測(DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました)

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニン...
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ChemBERTa(分子の言語モデル)の紹介

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。 ...
2023.04.14
Pythonでインフォマティクス

EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
2022.05.11
Pythonでインフォマティクス

GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した!)のインストール•使い方

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
2022.05.07
Pythonでインフォマティクス

OpenMMによる分子動力学計算 :タンパク質フォールディングシミュレーション

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2022.05.22
Pythonでインフォマティクス

PyMOLによる分子構造の構築 :タンパク質フォールディングシミュレーション

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2021.10.28
Pythonでインフォマティクス

OpenMMのインストール:タンパク質分子動力学シミュレーション

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2021.10.27
Pythonでインフォマティクス

AutoDock Vina 1.2 のチュートリアル

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2021.11.08
Pythonでインフォマティクス

TensorFlowとPyTorchによる学習モデル作成 DeepChem チュートリアル 5

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2021.10.18
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Molecular Fingerprints DeepChem チュートリアル 4

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
2021.10.18
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