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Rで傾向スコア・マッチング

新薬の効果検証や治療法の比較など、医学研究の分野において最も信頼性の高いエビデンスとされるのが、被験者をランダムに割り付けるランダム化比較試験(RCT)です。しかしながら、被験者の背景をランダムに割り付ける、ということは、倫理的な問題やコス...
Pythonでインフォマティクス

BoltzGenによるPFAS結合タンパク質の生成:環境技術への応用可能性

今回の記事では、タンパク質の全原子生成AIである BoltzGen を実際に実行してみました。BoltzGenのプレプリントとリポジトリでは、タンパク質に対するバインダーや抗体デザインなど、様々な実施例とその設定Yamlファイルが紹介されて...
Pythonでインフォマティクス

Profluent-E1 : タンパク質言語モデルの新基準

1. 研究の背景と目的:単一配列モデルから検索拡張へ 近年、凄まじい性能を見せている、生成AIのChatGPTやGeminiなどは、いわゆる大規模言語モデル(LLM: Large Language Model)として開発されてきました。LL...
Pythonでインフォマティクス

PTraj-Diff:タンパク質の動きを生成するAI

1. 研究の背景と目的近年のAlphaFold 21/32の登場は、タンパク質の「静的な3D構造」の高精度予測を可能にしました。しかし、タンパク質の機能は、その動き、すなわち「ダイナミクス」とも密接に関連しています。AlphaFoldの成功...
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