2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。
この書籍の中の「第4章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 OpenMMによるタンパク質のMDシミュレーション」の執筆を担当しております。
第4章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測
第7節 OpenMMによるタンパク質のMDシミュレーション
1.OpenMMの特徴
1.1 豊富なユーザーマニュアルとチュートリアル
1.2 使用可能な力場とファイル形式
1.3 高い拡張性
1.4 簡単なインストール
2.OpenMMによるMDシミュレーションの実行
2.1 OpenMMのモデリングツール
2.2 OpenMM-SetupによるモデリングとMDシミュレーションの設定と実行
技術情報協会 「タンパク質の構造解析手法と In silicoスクリーニングへの応用事例」書籍情報
https://www.gijutu.co.jp/doc/b_2206.htm#6
本執筆にあたり、ご協力いただきました株式会社技術情報協会のご担当の皆様、画像使用許諾をいただきましたOpenMMの開発者であるPeter Eastman博士に感謝申し上げます。
こちらのHira LaboのサイトでもOpenMMのMDシミュレーション関連記事を投稿しております。
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OpenMMによる分子動力学計算 :タンパク質フォールディングシミュレーション
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