PythonでインフォマティクスOpenMM 8 : 機械学習ポテンシャルを利用した分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7～）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード...
機械学習
Pythonでインフォマティクス
PythonでインフォマティクスChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測（DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました）
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニン...
PythonでインフォマティクスChemBERTa（分子の言語モデル）の紹介
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。 ...
PythonでインフォマティクスTensorFlowとPyTorchによる学習モデル作成 DeepChem チュートリアル ５
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスMolecular Fingerprints DeepChem チュートリアル 4
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスMoleculeNetの概要 DeepChem チュートリアル 3
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスDeepChem によるケモインフォマティクス、チュートリアル 2
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスDeepChemのインストールとチュートリアル 1
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...