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Pythonでインフォマティクス

BoltzGenによるPFAS結合タンパク質の生成:環境技術への応用可能性

今回の記事では、タンパク質の全原子生成AIである BoltzGen を実際に実行してみました。BoltzGenのプレプリントとリポジトリでは、タンパク質に対するバインダーや抗体デザインなど、様々な実施例とその設定Yamlファイルが紹介されて...
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Profluent-E1 : タンパク質言語モデルの新基準

1. 研究の背景と目的:単一配列モデルから検索拡張へ 近年、凄まじい性能を見せている、生成AIのChatGPTやGeminiなどは、いわゆる大規模言語モデル(LLM: Large Language Model)として開発されてきました。LL...
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PTraj-Diff:タンパク質の動きを生成するAI

1. 研究の背景と目的近年のAlphaFold 21/32の登場は、タンパク質の「静的な3D構造」の高精度予測を可能にしました。しかし、タンパク質の機能は、その動き、すなわち「ダイナミクス」とも密接に関連しています。AlphaFoldの成功...
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抗体生成AI:配列ベースMAGE vs 構造ベース拡散モデルRFdiffusion-Ab(RFantibody)

1. 研究の背景と目的抗体医薬の標的をめぐるジレンマ免疫系が病原体などを認識する際、抗原の表面にある特定の目印を認識します。この免疫系が認識する最小単位(目印)をエピトープ(抗原決定基)と呼びます 。一方、抗体側がエピトープに結合するために...
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