Pythonでインフォマティクスタンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例（株式会社技術情報協会出版）一部執筆担当
2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。 この書籍の中の「第４章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 Ope...
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Pythonでインフォマティクス
RでプレゼンテーションGoogle Colaboratory上でのRの作業方法＋Google Driveのデータの保存・読み込み方法
Google Colaboratoryは、web上で PythonだけでなくRの作業ができます。専用の環境構築も不要という点、無料という点、でも、初心者も使用しやすいツールになっています。 ただし、Googleアカウントは必要ですので、ア...
RでプレゼンテーションRで作図を高解像度に保存する方法について -png(), ggsave() など-
Rで作図したものを、論文や著書で使用するため、高解像度で保存する方法は？ Rは、データの視覚化にとても便利なツールです。データの詳細な分析や学術論文の掲載時には、作った図を高解像度で保存したいですよね。 ...
PythonでインフォマティクスChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測（DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました）
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニン...
PythonでインフォマティクスChemBERTa（分子の言語モデル）の紹介
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。 ...
Rでプレゼンテーションクラスター分析 -階層クラスター分析,hclust関数, dist関数、シルエット分析,silhouette関数-
多くの製品があって、どの製品とどの製品がにているのか？など似ているもの同士を調べるにはどうすればよいでしょう？ 似ているもの同士の分類には、クラスター分析が大変役に立ちます。 例えば、ワインのいろんな...
RでプレゼンテーションRで生存時間解析 ーカプランマイヤー曲線,survfit関数と、ログランク検定,survdiff関数ー
臨床現場で白血病患者の治療をしない群（コントロール群）と治療群の生存時間のデータを取得している。 取得データから、各群の白血病患者の生存時間を予測したい。 また、コントロール群と治療群の2群のデータがあり、それらの2群の比較も合わせて行...
RでプレゼンテーションRでコレスホﾟンデンス分析ー対応分析, CA, fviz_ca_biplot, repelー
各家庭における家事は、それぞれどんな分担傾向があるのか？？？ 夫のみ、妻のみ、夫婦一緒に、夫婦どちらかが、行う家事はどういった傾向がみられるのか？実施頻度の情報が、目で見て分かり易い図を作ってみます。 この度は、コレスホ...
RでプレゼンテーションRで回帰分析②ー重回帰分析, lm関数, 価格予測ー
AをB、C、Dなどの複数の要因で予測したいという場合に、重回帰分析が用いられます。 例えば、住宅の価格（目的変数）を、町ごとの一人当たり犯罪率、1940年以前に建てられた持ち家の割合、ボストンの5つの雇用中心地までの距離の加重平均のデ...
PythonでインフォマティクスEquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...