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Rでプレゼンテーション

Rでベン図 ーggVennDiagram, venn, 最大7サンプル表示可能にー

ベン図は、集合論や統計学で広く使用され、重なりや包含関係を視覚的に理解するのに役立ちます。 異なるグループの要素の交わりや固有の特性を把握し、データの関連性を把握するのにとても便利です。 ■目次 1. ベン図とは 2. ベン図用ダミ...
2024.02.15
ウェルビーイング

ウェルビーイグ 精神的状態が身体的状態に影響を与える 心疾患に関する文献紹介

Well-being(ウェルビーイング)とは、個人の権利や自己実現が保障され、身体的・精神的・社会的に良好な状態であることを言います。 「身体的に良好である」、「精神的に良好である」、「社会的に良好である」、これらは独立したことではなく、...
Pythonでインフォマティクス

OpenMM 8 : 機械学習ポテンシャルを利用した分子動力学シミュレーション

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7~)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード...
ウェルビーイング

ウェルビーイングと統計 ー血圧が高い①、減塩と血圧の臨床文献ー

「ウェルビーイング(well-being※)」 ※身体的・精神的・社会的に良好な状態。“心と体と社会がいい状態” ウェルビーイングと統計の関係 身体的・精神的な健康度合いをどのように計測すればよいでしょうか。また、そもそも「幸...
2024.01.25
Rでプレゼンテーション

Rで変数ごとに表示をカスタマイズできるヒートマップ ー革新的な可視化, funkyheatmapー

データ分析では、得られた結果を明確に示す可視化がとても重要です。 以前、相関行列のヒートマップについて解説をしました。 今回は、多彩なカスタマイズが可能な「funkyheatmap」パッケージを紹介します。 ■目次 1...
2024.01.10
Rでプレゼンテーション

Rでクラスター分析② ー非階層クラスター分析, k平均法, kmeansー

クラスター分析の主な目的は、サンプルのデータの類似性やパターンに基づいて、サンプルをクラスター化することです。 クラスター分析は教師なし学習であり、サンプルに対して事前に定義されたラベルやカテゴリがなくても、サンプルのクラスター化を行うこ...
2024.05.28
Pythonでインフォマティクス

タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例(株式会社技術情報協会出版)一部執筆担当 

2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。 この書籍の中の「第4章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 Ope...
2023.12.06
Rでプレゼンテーション

Google Colaboratory上でのRの作業方法+Google Driveのデータの保存・読み込み方法

Google Colaboratoryは、web上で PythonだけでなくRの作業ができます。専用の環境構築も不要という点、無料という点、でも、初心者も使用しやすいツールになっています。 ただし、Googleアカウントは必要ですので、ア...
2024.01.06
Rでプレゼンテーション

Rで作図を高解像度に保存する方法について ーpng(), ggsave() などー

Rで作図したものを、論文や著書で使用するため、高解像度で保存する方法は? Rは、データの視覚化にとても便利なツールです。データの詳細な分析や学術論文の掲載時には、作った図を高解像度で保存したいですよね。 ...
2024.05.27
Pythonでインフォマティクス

ChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測(DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました)

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニン...
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