PythonでインフォマティクスMoleculeNetの概要 DeepChem チュートリアル 3
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
hiratomoko
PythonでインフォマティクスPythonでインフォマティクスDeepChem によるケモインフォマティクス、チュートリアル 2
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
RでプレゼンテーションRで相関係数のヒートマップによる可視化：新型コロナ陽性者数の都道府県別動向
以前の投稿で、熊本県の新型コロナ陽性者数動向と他都道府県との相関関係について書きました。 厚労省のオープンデータを用いて、引き続きデータ解析を行います。 #1 #2まで以前の投稿と同じ部分。 patient_pre...
RでプレゼンテーションRでggplotによる時系列データの可視化：新型コロナ陽性者数の県別動向
厚労省のオープンデータとして、各都道府県における1日当たりのコロナ陽性患者数情報を入手することができます。 熊本県の新型コロナ陽性患者数動向において、相関の高い都道府県はどこか？について調べたいと思います。 患者数動向は、時系列...
PythonでインフォマティクスAutoDock Vina 1.2 のインストール
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスDeepChemのインストールとチュートリアル 1
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
書籍紹介書籍紹介3 実験で使うとこだけ生物統計１ キホンノキ、実験で使うとこだけ生物統計2 キホンノキ
実験で使うとこだけ生物統計１ キホンノキ 改訂 実験を行う際には、得られるであろう結果を想定して組み立てを行っていくことになるかと思います。 実験した後で、解析をうーんと考えるのは良くない。なぜなら～...
RでプレゼンテーションRで両側2軸を異なるスケールに設定した折れ線グラフ ーgeom_line, scaleパッケージの使用ー
以前、時系列データの折れ線グラフ表示について、下記リンクの投稿をさせていただきました。 今回は、前回表示した気温変化に加え、湿度変化についても同じ図にのせて表示したいと思います。 「単位や、推移するスケールも違うのでは？...
Rでプレゼンテーション対応のある2群のt検定 ー箱ひげ図, ggpairedの使い方ー
例えば、同じ人が睡眠薬AとBを服用すると、それぞれの効果に差があるのか？ないのか？を知りたいとします。 その際に、よく使用されるのが対応のある2群のt検定です。 ”対応のある”2群のt検定は、比べるデータは同じ人がAを服...
RでプレゼンテーションRで相関行列 ーPearsonの相関係数, corrplotの使い方ー
相関係数とは２つの変数間における関係の強弱を表現する指標です。 2つの変数間だけでなく、複数の変数の情報から、それぞれの相関係数を全部知りたい、 そういう時には相関行列で可視化を行い、すべてを確認し、議論を行うことができます。 ...