PythonでインフォマティクスAutoDock Vina 1.2 のインストール
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
Pythonでインフォマティクス
PythonでインフォマティクスDeepChemのインストールとチュートリアル 1
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
書籍紹介書籍紹介3 実験で使うとこだけ生物統計１ キホンノキ、実験で使うとこだけ生物統計2 キホンノキ
実験で使うとこだけ生物統計１ キホンノキ 改訂 実験を行う際には、得られるであろう結果を想定して組み立てを行っていくことになるかと思います。 実験した後で、解析をうーんと考えるのは良くない。なぜなら～...
RでプレゼンテーションRで両側2軸を異なるスケールに設定した折れ線グラフ ーgeom_lineー
以前、時系列データの折れ線グラフ表示について、下記リンクの投稿をさせていただきました。 今回は、前回表示した気温変化に加え、湿度変化についても同じ図にのせて表示したいと思います。 「単位や、推移するスケールも違うのでは？...
Rでプレゼンテーション対応のある2群のt検定 ー箱ひげ図, ggpairedー
例えば、同じ人が睡眠薬AとBを服用すると、それぞれの効果に差があるのか？ないのか？を知りたいとします。 その際に、よく使用されるのが対応のある2群のt検定です。 ”対応のある”2群のt検定は、比べるデータは同じ人がAを服...
RでプレゼンテーションRで相関行列 ーPearsonの相関係数, corrplotの使い方ー
相関係数とは２つの変数間における関係の強弱を表現する指標です。 2つの変数間だけでなく、複数の変数の情報から、それぞれの相関係数を全部知りたい、 そういう時には相関行列で可視化を行い、すべてを確認し、議論を行うことができます。 ...
RでプレゼンテーションRで主成分分析(PCA) ーggbiplot, ellipse, 色分けー
主成分分析とは、多くの変数により記述された量的データから、できるだけ少ない情報の損失で、情報を縮約して分析を行う方法です。 多くの変数データを圧縮して2軸、あるいは3軸で分析結果を表示します。 主成分分析は、以下の書籍を参考にさ...
RでプレゼンテーションRで散布図 ー相関関係の確認, plotー
Rで散布図の可視化と考察を、Rに入っているデータセットairqualifyを使用して行います。 散布図とは横軸と縦軸に2つの項目の量や大きさ等を対応させて、プロットしたものです。 プロットが右上がりに分布する傾向であれば正の相関...
RでプレゼンテーションRで時系列データの折れ線グラフ ーggplot2による熊本の気温変化の分析ー
Rで時系列データの分析を行います。2020年の熊本の気温変化データを使ってみます。 ※更新 2021.9 ↓↓↓関連した投稿です。時系列を両側2軸で違うスケール表示してますので、参考にされてください。 ◆今...
Rでプレゼンテーション書籍紹介２ RユーザーのためのRStudio[実践]入門、Rグラフィックスクックブック
R関連の書籍紹介２です。 RユーザーのためのRStudio入門（技術評論社） 最初はRで作業をしていましたが、初めてRStudioで作業をしたとき、なんてすばらしい環境なのかと。。感動したのを...