AutoDock Vina 1.2 のインストール

Pythonでインフォマティクス

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・ソフト環境(CentOS Linux)を用いますが、Python(anaconda)が利用できれば、異なる環境下でも類似の実装が可能かと思います。

● CPU Intel® Core™ i7-6700K CPU @ 4.00GHz × 8
● メモリ  64GB
● GPU GeForce GTX 1080/PCIe/SSE2
● OS  CentOS Linux 8
● Python 3.7


はじめに

以前、以下の2記事で、タンパク質-タンパク質間、タンパク質-ペプチド間、タンパク質-DNA間のドッキングシミュレーションを実施するためのソフトウェアとして、Pythonパッケージとしての導入が可能な “LightDock” を紹介しました。LightDockは、比較的新しいソフトウェアで、Glowworm Swarm Optimization (GSO)アルゴリズムに基づいたドッキングが実施できました。

一方、タンパク質ドッキングシミュレーション用の他のソフトウェアとして、AutoDock, Gold など、多くのものが開発されていますが、それぞれ個別にインストールして使用する必要がありました。そんな中、AutoDock から派生したAutoDock Vina というソフトウェアが、2021年にバージョンアップ(1.2.0)され、これによってPythonパッケージとしても使用可能になりました。

●AutoDock Vina 論文: O. Trott and A. J. Olson. (2010). AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. Journal of computational chemistry, 31(2), 455-461.

●バージョンアップ(1.2.0)論文:J. Eberhardt, D. Santos-Martins, A. F. Tillack, and S. Forli. (2021). AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings. Journal of Chemical Information and Modeling.

そこで本記事では、AutoDock Vina のインストールを行ってみたいと思います。


AutoDock Vina のインストール

まずは下記のように仮想環境 vinaを用意して、アクティブにしましょう。

$ mkdir vina                         #ディレクトリvinaを作成
$ cd vina                            #ディレクトリvinaに移動
$ conda create -n vina python=3.8    #python 3.8 の仮想環境 vinaを作成
$ conda activate vina                #仮想環境 vinaをアクティブに

そのうえで、以下のように、conda で numpy等 をインストールし、その後、pip で AutoDock Vina をインストールします。コメントを頂いて調べたところ、インストール手順が変更になっておりました。

$ conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
$ pip install vina

2023年7月現在、AutoDock Vina 1.2.5 がインストールされました。これで、Pythonのパッケージ、classとしてAutoDock Vinaを実行することができます。

最後に、以下でJupyter notebook をインストールしておきます。

$ conda install jupyter


AutoDock Vinaを実行

以下を実行し、Jupyter notebookを起動します。

$ jupyter notebook

Jupyter notebookの使い方は、以下の記事でも紹介していますので、参考にして下さい。

notebook のセルに以下を入力し、Run してみてください。

上のようにアウトプットが表示されます。これで、vinaをPythonパッケージとしてインポートして使用することが出来ます。

実際のドッキングシミュレーションの実行については、以下の記事でチュートリアルを解説しています。

コメント

  1. より:

    ガイドに沿って進みjupyter notebookは起動できたのですが,cellにfrom vina import Vina Vinaと入力し,runしても—————————————————————————
    ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
    Cell In[4], line 1
    —-> 1 from vina import Vina
    2 Vina

    ModuleNotFoundError: No module named ‘vina’
    と出てしまいます

    解決策をご教授いただければ幸いです。

    • hiratomokohiratomoko より:

      コメントありがとうございます。Vinaのバージョンアップに伴い、問題が発生しているようです。
      現状、以下のようにすれば大丈夫でした(公式ドキュメント通りですが、pythonのバージョンは3.9以下を指定する必要があると思います。)。
      $ conda create -n vina python=3.8
      $ conda activate vina
      $ conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
      $ pip install vina
      $ conda install jupyter

      返信遅くなりましたが、ご確認をお願いします。

  2. 猪俣祐貴 より:

    ガイドに沿って進めていくと,pip install vina を実行すると,以下のようなエラーが出ました.
    × Getting requirements to build wheel did not run successfully.
    │ exit code: 1
    ╰─> See above for output.

    note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.

    解決策をご教授いただければ幸いです。

    • hiratomokohiratomoko より:

      返信遅くなりすみません。
      当方のCentOSやUbuntuでは、1つ前のコメントにありますように、
      $ conda create -n vina python=3.8
      $ conda activate vina
      $ conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
      $ pip install vina
      $ conda install jupyter
      の手順で問題なくインストール、実行できました。
      記事の方も修正を加えました。

      また、Windows等では上手くいかないのかもしれませんが、こちらでは検証していません。
      どうぞよろしくお願いします。

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