Pythonでインフォマティクス PTraj-Diff：タンパク質の動きを生成するAI
1. 研究の背景と目的近年のAlphaFold 21/32の登場は、タンパク質の「静的な3D構造」の高精度予測を可能にしました。しかし、タンパク質の機能は、その動き、すなわち「ダイナミクス」とも密接に関連しています。AlphaFoldの成功...
Pythonでインフォマティクス 
Pythonでインフォマティクス 抗体生成AI：配列ベースMAGE vs 構造ベース拡散モデルRFdiffusion-Ab（RFantibody）
1. 研究の背景と目的抗体医薬の標的をめぐるジレンマ免疫系が病原体などを認識する際、抗原の表面にある特定の目印を認識します。この免疫系が認識する最小単位（目印）をエピトープ（抗原決定基）と呼びます 。一方、抗体側がエピトープに結合するために...
Pythonでインフォマティクス Boltz-2：リガンド結合親和性予測器を備えたタンパク質複合体構造予測モデル
1. 研究の背景と目的医薬品候補を設計する際、ターゲットとなるタンパク質や医薬候補リガンドの立体構造情報をベースにする手法を、Structure Based Drug Design（SBDD）と呼びます。ウェットな実験が当然必要となりますが...
Pythonでインフォマティクス BoltzGen：設計と構造予測を統合したタンパク質の全原子生成AI
1. 研究の背景と目的タンパク質の構造と機能を自在に設計する技術は、創薬・バイオテクノロジー等の幅広い分野で大きな貢献が期待されています。特に、特定のターゲット分子に結合するタンパク質（バインダー）をゼロから設計するde novoタンパク質...
Pythonでインフォマティクス Pythonで分子の形を立体的（３D）に見る（情報Ⅰプログラミング×化学③）
化学構造式は平面（2D）で描かれますが、実際の分子の形は立体的（3D）です。 同じ平面構造でも3Dの形が異なる場合があり、これを「異性体」と呼びます。 異性体は形が違うと性質も異なるため、分子を3Dでとらえることは重要です。今回は、Pyth...
Pythonでインフォマティクス BindCraft: AIが拓く新たなタンパク質バインダー設計
タンパク質は生命活動を担う多機能な生体分子であり、その機能の多くはタンパク質間相互作用（Protein-protein interactions：PPIs）によって発揮されています。このPPIsを標的として阻害や制御できるタンパク質バインダ...
Pythonでインフォマティクス 高校情報Ⅰ モンテカルロ法と機械学習（5か月目第4週）
まなびの目標🎯・モンテカルロ法の基本的な考え方を、円周率の計算を例に理解する。・AIの代表的な学習方法である教師あり学習と教師なし学習の違いを理解する。・確認テストで学びを復習！■目次1. ランダムさで答えを探す「モンテカルロ法」 1.1 ...
Rでデータ解析と可視化 RでMDS（多次元尺度構成法）②非計量MDS（NMDS）
前回、サンプル間の実際の距離をできるだけ再現する、計量MDS（PCoA）を解説しました。しかし、生態学の生物データやアンケート結果など、データによってはAとBの距離は2.5という正確な距離の値よりも、AとBは、AとCよりも近い、という“順序...
高校情報Ⅰと実践活用 高校情報Ⅰ モデル化とシミュレーション（5か月目第3週）
まなびの目標🎯・現実世界の事象を単純化して捉えるモデル化について理解する。・様々なモデルの種類について知る。・モデルを使って模擬実験を行うシミュレーションの役割と重要性を理解する。・確認テストで学びを復習！■目次1. 現実世界を単純な形で表...
Rでデータ解析と可視化 RでMDS（多次元尺度構成法）①計量MDS（Metric MDS／PCoA）
「たくさんの商品について、顧客が感じているいろいろな性能の近さを可視化したい」「日本の各都道府県の統計データ（人口密度、平均所得、日照時間など）から、『都道府県の特性の近さ』を可視化したい」データ分析では、たくさんの変数で構成されるデータか...