Rでプレゼンテーション

Rで作図を高解像度に保存する方法について ーpng(), ggsave() などー

Rで作図したものを、論文や著書で使用するため、高解像度で保存する方法は? Rは、データの視覚化にとても便利なツールです。データの詳細な分析や学術論文の掲載時には、作った図を高解像度で保存したいですよね。 ...
2024.01.06
Pythonでインフォマティクス

ChemBERTaのファインチューニングによる溶解度予測(DeBERTaベースのモデルやGCNも試してみました)

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 本記事では、前回紹介したSMILESを事前学習したモデル「ChemBERTa」を使用して、ファインチューニン...
Pythonでインフォマティクス

ChemBERTa(分子の言語モデル)の紹介

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。 今回の記事では、自然言語処理モデルBERTを分子へと応用した、ChemBERTaを紹介したいと思います。 ...
2023.04.14
Rでプレゼンテーション

Rでクラスター分析① ー階層クラスター分析, hclust, dist, シルエット分析, silhouetteー

多くの製品があって、どの製品とどの製品が似ているのか、似ていないのか?などを調べるにはどうすればよいでしょう? 似ているもの同士を集めたり、似ていないものと区別するには、クラスター分析が大変役に立ちます。 ...
2024.01.06
Rでプレゼンテーション

Rで生存時間解析 ーカプランマイヤー曲線,survfit関数と、ログランク検定,survdiff関数ー

臨床現場で白血病患者の治療をしない群(コントロール群)と治療群の生存時間のデータを取得している。 取得データから、各群の白血病患者の生存時間を予測したい。 また、コントロール群と治療群の2群のデータがあり、それらの2群の比較も合わせて行...
2023.02.02
Rでプレゼンテーション

Rでコレスポンデンス分析ー対応分析, CA, fviz_ca_biplot, repelー

各家庭における家事は、それぞれどんな分担傾向があるのか??? 夫のみ、妻のみ、夫婦一緒に、夫婦どちらかが、行う家事はどういった傾向がみられるのか?実施頻度の情報が、目で見て分かり易い図を作ってみます。 この度は、コレスホ...
Rでプレゼンテーション

Rで回帰分析②ー重回帰分析, lm関数, 価格予測ー

AをB、C、Dなどの複数の要因で予測したいという場合に、重回帰分析が用いられます。 例えば、住宅の価格(目的変数)を、町ごとの一人当たり犯罪率、1940年以前に建てられた持ち家の割合、ボストンの5つの雇用中心地までの距離の加重平均のデ...
2023.08.18
Pythonでインフォマティクス

EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
2022.05.11
Pythonでインフォマティクス

GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した!)のインストール•使い方

このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系(3.7)、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
2022.05.07
Rでプレゼンテーション

Rで回帰分析①ー単回帰, lm関数, 残差プロット, Q-Qプロットー

車の運転速度から、ブレーキを踏んでから停止までの距離を予測したい! ここで使うのが単回帰分析です! 車の運転速度のデータ(説明変数)を用いて、停止までの距離(目的変数)を予測する式を作る、単回...
2023.08.18
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