PythonでインフォマティクスEquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
Pythonでインフォマティクス
PythonでインフォマティクスGNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！)のインストール•使い方
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介しています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築しています。 ● CPU Intel® Co...
RでプレゼンテーションRで回帰分析①ー単回帰, lm関数, 残差プロット, Q-Qプロットー
車の運転速度から、ブレーキを踏んでから停止までの距離を予測したい！ ここで使うのが単回帰分析です！ 車の運転速度のデータ（説明変数）を用いて、停止までの距離（目的変数）を予測する式を作る、単回...
RでプレゼンテーションRで対応のない2群検定：Mann-Whitney U検定、Wilcoxon Rank-Sum 検定、箱ひげ図、バイオリンプロット
例えば、数学のテストでXクラスとYクラスで平均点に差があるのか？ないのか？を調べたいとします。 このクラスの点数は、他のクラスと比べて差があるのか？？？ これは、XクラスとYクラスが異なる学生からなり、それぞれが受けた数学のテス...
RでプレゼンテーションRで対応のない2群検定：Student t 検定, Welch’s t検定, 箱ひげ図, バイオリンプロット,ビースウォームプロット
例えば、国語のテストがあった時に、XクラスとYクラスのテストの点数の平均値に差があるのか？ないのか？を知りたいとします。 隣のクラスと差があるのか..？？ 各クラスのテストの点数の平均値を比較する際に使用するのは対応のない2群の...
PythonでインフォマティクスOpenMMによる分子動力学計算 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスPyMOLによる分子構造の構築 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスOpenMMのインストール：タンパク質分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスAutoDock Vina 1.2 のチュートリアル
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
PythonでインフォマティクスTensorFlowとPyTorchによる学習モデル作成 DeepChem チュートリアル ５
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...