Rでデータ解析と可視化 Rで欠損処理① ーna.omit, is.na, na.rm, 欠損値含むダミーデータ作成、リストワイズ除去法、平均値代入法ー
データ解析を行うデータを確認すると、データの抜け、いわゆる「欠損値」を含むことがあります。データに欠損値があると、データの解析やモデリングが適切に行えないことも多く、データの前処理が必要になります。この記事では、Rでの欠損値の処理方法につい...
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Rでデータ解析と可視化 
Rでデータ解析と可視化 Rでメタアナリシス① ー効果量, リスク比, 効果モデルの選択, metaforー
メタアナリシスは、論文などで報告された同じテーマに関する複数の研究結果を統合する統計学的手法です。重要なデータを多く組み合わせて議論することから、質の高いエビデンスレベルであるとされています。臨床試験（治療の有効性や安全性など）結果、例えば...
Rでデータ解析と可視化 Rでアップセット図（UpSet図） ーUpSetR, 集合の関係性を示す, サンプル数が多い場合におススメー
今回は、アップセット図（UpSet図）についてRのコード例を紹介したいと思います。アップセット図（UpSet図）とは？ベン図とは違うアプローチで、集合の関係性を視覚的に示す図です。RのUpSetRパッケージについては、集合の違いを表すベン図...
Rでデータ解析と可視化 Rでベン図 ーggVennDiagram, venn, 最大7サンプル表示可能にー
ベン図は、集合論や統計学で広く使用され、重なりや包含関係を視覚的に理解するのに役立ちます。異なるグループの要素の交わりや固有の特性を把握し、データの関連性を把握するのにとても便利です。■目次1. ベン図とは2. ベン図用ダミーデータ作成（遺...
ウェルビーイング 精神的状態が身体的状態に影響を与える 心疾患に関する文献紹介
Well-being（ウェルビーイング）とは、個人の権利や自己実現が保障され、身体的・精神的・社会的に良好な状態であることを言います。「身体的に良好である」、「精神的に良好である」、「社会的に良好である」、これらは独立したことではなく、相互...
Pythonでインフォマティクス OpenMM 8 : 機械学習ポテンシャルを利用した分子動力学シミュレーション
このカテゴリーの記事では、「Pythonを使った機械学習やケモ・バイオインフォマティクスの実装や論文」を紹介していきたいと考えています。Python は3系（3.7～）、anacondaを中心にして環境構築していきます。以下のようなハード・...
ウェルビーイング ウェルビーイングと統計 ー血圧が高い①、減塩と血圧の臨床文献ー
「ウェルビーイング（well-being※）」※身体的・精神的・社会的に良好な状態。“心と体と社会がいい状態”ウェルビーイングと統計の関係身体的・精神的な健康度合いをどのように計測すればよいでしょうか。また、そもそも「幸福感」や「良い人生」...
Rでデータ解析と可視化 Rで変数ごとに表示をカスタマイズできるヒートマップ ー革新的な可視化, funkyheatmapー
データ分析では、得られた結果を明確に示す可視化がとても重要です。以前、相関行列のヒートマップについて解説をしました。今回は、多彩なカスタマイズが可能な「funkyheatmap」パッケージを紹介します。■目次 1. funkyheatmap...
Rでデータ解析と可視化 Rでクラスター分析② ー非階層クラスター分析, k平均法, kmeans,clusplotー
クラスター分析の主な目的は、サンプルのデータの類似性やパターンに基づいて、サンプルをグループに分けることです。クラスター分析は教師なし学習であり、サンプルに対してあらかじめ定義されたラベルやカテゴリがなくても、サンプルをグループ分けすること...
Pythonでインフォマティクス タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例（株式会社技術情報協会出版）一部執筆担当
2023年7月に「タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例」の書籍が株式会社技術情報協会様より発売になりました。この書籍の中の「第４章 分子シミュレーションによるタンパク質構造予測」において「第7節 OpenM...